在国际赛场打拼近十年的奥博托，尽管有好友吉诺比利的帮助，但对于NBA还是有些不适应，第一个赛季，他场均只有不到10分钟的上场时间。休赛期，随着两名中锋拉苏-内斯特洛维奇和纳兹尔-先后离队，他在内线的轮换中发挥了更大的作用，并且开始在一些比赛中充当首发，2006年11月8日，在面对太阳的比赛中，他第一次拿到两双22+10，并且以11投11中创下了球队的单场记录。在和新入队的荷兰中锋弗郎西斯科-埃尔森的竞争中，奥博托逐渐占据上风，并在季后赛中发挥了更大的作用。
在整个季后赛之旅中，奥博托的投篮命中率高达62.5%，西部决赛面对犹他爵士时，他场均出场31分钟，得到10.2分，7.8篮板，投篮命中率是惊人的70%。在前两场比赛中他都拿下了14+7的数据，第四场更是拿下11+11的两双数据。在奥博托的高能协助下，马刺以4:1轻取爵士，杀入总决赛，并且以更加轻松的4:0横扫克里夫兰骑士夺得了队史第四座冠军。在接下来的赛季里，基本功更扎实，战术素养更高的奥博托完全压过了埃尔森，成为了主力中锋，场均上场时间超过了20分钟，投篮命中率60.8%高居全队第一（排名第二的邓肯只有49.7%）。
尽管奥博托依然稳定而高效，但马刺阵容的老化已经显而易见，在西部决赛面对强势的湖人，奥博托+科特-托马斯+罗伯特-霍里的内线落败。在之后的赛季里，困扰奥博托多年的心律失常加重，让他缺席了不少比赛，状态也一落千丈，赛季结束后他选择了射频消融手术。2009年选秀大会前夜，作为获得理查德-杰弗森的三方交易的筹码，奥博托被送到底特律，并很快被裁掉。之后他辗转奇才和开拓者，然而心律失常引起的心悸症状再次出现，2010年11月4日，在为开拓者仅仅打了5场比赛之后，为了健康起见，奥博托宣布退役。